NGS测序技术服务
RNA m6A甲基化测序(MeRIP Seq)LC-MS
ncRNA PCR新宝6下载
nrStar™ Functional LncRNA PCR 新宝6下载(H/M) nrStar™ tRNA PCR新宝6下载(H/M) nrStar™ tRF&tiRNA PCR新宝6下载(H/M) nrStar™ Canonical Conserved miRNA PCR新宝6下载 nrStar™ snoRNA PCR新宝6下载(H)mRNA PCR新宝6下载
NuRNA™ tRNA Modification Enzymes PCR新宝6下载(H) NuRNA™ Small RNA Biogenesis-Related Proteins PCR新宝6下载(H) NuRNA™ Epitranscriptomics PCR新宝6下载(H) NuRNA™ Central Metabolism PCR新宝6下载(H)实时定量PCR试剂
Arraystar SYBR® Green Real-time qPCR Master Mix rtStar™ cDNA Synthesis Products rtStar™ tRF&tiRNA Pretreatment Kit rtStar™ Pre-designed tRNA Primer Sets rtStar™ Pre-designed tRF&tiRNA Primer Sets miRStar™ Pre-designed miRNA-specific Primers rtStar™ Pre-designed Functional LncRNA Primer SetsSeq-Star™ NGS 测序试剂
Seq-Star™ Rapid RNA-seq Kit (Illumina) Seq-Star™ Rapid RNA-seq Library Prep Package (Illumina) Seq-Star™ Small RNA-seq Kit Seq-Star™ Rapid DNA-seq Kit (Illumina) Seq-Star™ rRNA Removal Kit Seq-Star™ poly(A) mRNA Isolation Kit Seq-Star™ DNAClean Beads Seq-Star™ DNA Size Selection Kit Seq-Star™ RNAClean and smallEnrich Beads转运RNA (tRNA) 是生物体内分布最广泛、含量最丰富的非编码小RNA分子。它携带并转运氨基酸,参与蛋白翻译,是连接mRNA与蛋白质的重要桥梁。细胞增殖、分化和凋亡等一系列生物学过程都伴随着tRNA水平的变化。反之,tRNA表达谱的改变也会影响细胞发育过程中的命运抉择。表达失调的tRNA可以促进肿瘤的发生和癌症进程。另外,许多其它疾病比如II型糖尿病、亨廷顿症以及HIV感染都出现了tRNA表达与分布紊乱。tRNA研究已逐渐成为生物学过程和疾病研究的重要组成部分。
美国Arraystar公司是非编码RNA研究最优秀的产品服务提供商。Arraystar nrStarTM tRNA PCR Arrays(H/M)可分别检测185个人或小鼠的tRNA,覆盖了GtRNAdb数据库中所有的细胞核反密码子isoacceptors (运载相同氨基酸但反密码子不同的tRNA互称为isoaccepetor),提供isoacceptor和isodecoder(反密码子相同但躯干序列不同的tRNA之间互称为isodecoder)两种层面上的表达检测。
tRNA存在种类繁多的修饰,对其发挥功能十分关键。然而,这些修饰尤其是甲基化修饰会严重阻碍反转录的进行,导致cDNA合成终止或碱基错配。为此,Arraystar专门开发了针对tRNA的反转录试剂盒 (rtStar™ tRNA-optimized First-Strand Synthesis Kit)。该试剂盒采用了一种高效的RNA去甲基化酶,能够有效地去除tRNA上的甲基化修饰,极大地提高cDNA合成质量。与此试剂盒组合使用,研究人员能够获得更为真实可靠的tRNA表达变化,为研究蛋白质组或tRNA来源片段(tRFs)提供重要信息。
nrStar™ tRNA PCR 新宝6下载产品列表
新宝6下载特点
● 囊括GtRNAdb和tRNAdb数据库中所有的细胞核与线粒体反密码子
● 伴随的去甲基化处理使得检测结果更加真实可靠
● 所有引物均在多种细胞和组织中通过验证
● 即拆即用型384孔板,几小时内便可得到结果
tRNA PCR新宝6下载服务流程
1. RNA抽提与质量检测
进行RNA常规抽提,使用NanoDrop ND-1000检测RNA浓度和纯度,使用琼脂糖凝胶电泳检测RNA纯度和完整性。详细的样品QC结果可见服务报告。
2. 去甲基化处理与cDNA合成
每样本取1.5 μg RNA,使用rtStar™ tRNA-optimized First-Strand Synthesis Kit (Cat# AS-FS-004, Arraystar) 试剂盒进行去甲基化处理和反转,合成cDNA第一链。详细步骤参照Arraystar产品操作手册。
3. Real-time PCR扩增
将cDNA与 Arraystar SYBR Green qPCR Master Mix (Cat# AS-MR-005-5, Arraystar)混合,加入至384孔板中,在ABI 7900 PCR仪上进行Real-time PCR扩增。
4. 熔解曲线分析与原始数据导出
PCR扩增完成后,进行熔解曲线分析,使用PCR仪自带软件导出原始数据。出具Raw Data文件夹,包含原始Ct值、PCR扩增曲线图和熔解曲线图。
tRNA PCR新宝6下载数据分析流程
1. PCR新宝6下载数据质控
质控参数:Ct(Blank)>35; Ct(GDC)>35; Ct(RNA Spike-in)<25; Ct (PPC) <25. 符合上述条件的样本进入下一步分析。数据QC结果见Arraystar服务报告。
2. 数据校正与△Ct值计算
板间校正:使用Ct(PPC)对不同PCR板进行板间校正。
内参校正与△Ct值计算:挑选最优内参,使用内参均值计算△Ct值。
3. 差异倍数计算(2^(-△△Ct))
使用 △△Ct 方法计算不同样品组之间的表达差异倍数。
4. P值计算
对样本组进行t检验,计算P值。
5. 其他常规数据分析
散点图分析;火山图分析;TOP20表达上调和下调tRNA柱形图分析
6. 提供服务报告与数据分析结果
a. Arraystar服务报告(包括RNA样本QC、qPCR数据QC和详细实验数据分析步骤)
b. Excel新宝6下载结果汇总表(包括tRNA列表,数据分析结果和各类图表)
c. Raw Data文件夹 (包含原始数据、扩增曲线图和熔解曲线图)
tRNA PCR新宝6下载部分分析结果展示
1. 差异表达tRNA列表(默认筛选参数:差异倍数>1.5;P<0.05,客户可指定筛选参数值)
2. 散点图(黑色斜线代表差异倍数为1,红色斜线代表差异倍数为1.5)
3. 火山图(黑色垂线代表差异倍数为1;粉色垂线代表上调或下调倍数为1.5;蓝色水平线代表P值为0.05)
4. TOP20表达上调tRNA柱状图
5. TOP20表达下调tRNA柱状图
Arraystar公司最新发布的 nrStar™ Human tRF & tiRNA PCR Array包含了185类来自权威数据库收录和最新文献报道的tRF或tiRNA,方便客户对tRF & tiRNA进行简单快捷地表达谱分析。
nrStar™ tRF&tiRNA PCR新宝6下载服务列表
新宝6下载特点
• 前沿-关注近些年火热的tRF&tiRNA研究
• 聚焦-检测最具生物学潜能的tRF&tiRNA
• 精确检测-所有引物都经过精心设计、优化和验证
• 简单便捷-标准的qPCR板设计,直接使用,无需预扩增
tRF&tiRNA PCR新宝6下载实验流程
1. RNA抽提与质量检测
进行RNA常规抽提,使用NanoDrop ND-1000检测RNA浓度和纯度,使用琼脂糖凝胶电泳检测RNA纯度和完整性。详细的样品QC结果见服务报告。
2. 双端接头连接与cDNA合成
每样本取1.5 μg RNA,使用rtStar™ First-Strand cDNA Synthesis Kit (3’ and 5’ adaptor) (Cat# AS-FS-003, Arraystar) 试剂盒进行接头连接和反转,合成cDNA第一链。详细步骤参照Arraystar产品操作手册。
3. Real-time PCR扩增
将cDNA与 Arraystar SYBR Green qPCR Master Mix (Cat# AS-MR-005-5, Arraystar)混合,加入至384孔板中,在ABI 7900 PCR仪上进行Real-time PCR扩增。
4. 熔解曲线分析与原始数据导出
PCR扩增完成后,进行熔解曲线分析,使用PCR仪自带软件导出原始数据。出具Raw Data文件夹,包含原始Ct值、PCR扩增曲线图和熔解曲线图。
tRF&tiRNA PCR新宝6下载数据分析流程
1. PCR新宝6下载数据质控
质控参数:Ct(Blank)>35; Ct(GDC)>35; Ct(RNA Spike-in)<25; Ct (PPC) <25. 符合上述条件的样本进入下一步分析。数据QC结果见Arraystar服务报告。
2. 数据校正与△Ct值计算
板间校正:使用Ct(PPC)对不同PCR板进行板间校正。
内参校正与△Ct值计算:挑选最优内参,使用内参均值计算△Ct值。
3. 差异倍数计算(2^(-△△Ct))
使用 △△Ct 方法计算不同样品组之间的表达差异倍数。
4. P值计算
对样本组进行t检验,计算P值。
5. 其他常规数据分析
散点图分析;火山图分析;TOP20表达上调和下调tRF&tiRNA柱形图分析
6. 提供服务报告与数据分析结果
a. Arraystar服务报告(包括RNA样本QC、qPCR数据QC和详细实验数据分析步骤)
b. Excel新宝6下载结果汇总表(包括tRF&tiRNA列表,数据分析结果和各类图表)
c. Raw Data文件夹 (包含原始数据、扩增曲线图和熔解曲线图)
tRF&tiRNA PCR新宝6下载部分数据分析结果展示
1. 差异表达tRF & tiRNA列表(默认筛选参数:差异倍数>2;P<0.05,客户可指定筛选参数值)
2. 散点图(黑色斜线代表差异倍数为1,红色斜线代表差异倍数为2)
3. 火山图(黑色垂线代表差异倍数为1;粉色垂线代表上调或下调倍数为2;蓝色水平线代表P值为0.05)
4. TOP20表达上调tRF & tiRNA柱状图
5. TOP20表达下调tRF & tiRNA柱状图
nrStar™ Functional LncRNA PCR新宝6下载服务列表
新宝6下载特点
• 全面收集已知的与生物学功能或疾病明确相关的LncRNA
• 功能性LncRNA和疾病相关lncRNA都经过详细分类、注释和交叉引用
• 所有引物均经过多种样品类型的验证,充分满足生物标记物鉴定的需要。
• 转录本特异性PCR引物可以明确且准确地检测每个LncRNA异构体。
Functional LncRNA PCR新宝6下载服务实验流程
1. RNA抽提与质量检测
进行RNA常规抽提,使用NanoDrop ND-1000检测RNA浓度和纯度,使用琼脂糖凝胶电泳检测RNA纯度和完整性。详细的样品QC结果见服务报告。
2. cDNA合成
每样本取1.5 μg RNA,使用rtStar™ First-Strand Synthesis Kit (Cat# AS-FS-001, Arraystar) 试剂盒进合成cDNA第一链。详细步骤参照Arraystar产品操作手册。
3. Real-time PCR扩增
将cDNA与 Arraystar SYBR Green qPCR Master Mix (Cat# AS-MR-005-5, Arraystar)混合,加入至384孔板中,在ABI 7900 PCR仪上进行Real-time PCR扩增。
4. 熔解曲线分析与原始数据导出
PCR扩增完成后,进行熔解曲线分析,使用PCR仪自带软件导出原始数据。出具Raw Data文件夹,包含原始Ct值、PCR扩增曲线图和熔解曲线图。
Functional LncRNA PCR新宝6下载服务数据分析流程
1. PCR新宝6下载数据质控
质控参数:Ct(Blank)>35; Ct(GDC)>35; Ct(RNA Spike-in)<25; Ct (PPC) <25. 符合上述条件的样本进入下一步分析。数据QC结果见Arraystar服务报告。
2. 数据校正与△Ct值计算
板间校正:使用Ct(PPC)对不同PCR板进行板间校正。
内参校正与△Ct值计算:挑选最优内参,使用内参均值计算△Ct值。
3. 差异倍数计算 (2^(-△△Ct))
使用 △△Ct 方法计算不同样品组之间的表达差异倍数。
4. P值计算
对样本组进行t检验,计算P值。
5. 其他常规数据分析
散点图分析;火山图分析;TOP20表达上调和下调LncRNA柱形图分析
6. 提供服务报告与数据分析结果
a. Arraystar服务报告(包括RNA样本QC、qPCR数据QC和详细实验数据分析步骤)
b. Excel新宝6下载结果汇总表(包括tRNA列表,数据分析结果和各类图表)
c. Raw Data文件夹 (包含原始数据、扩增曲线图和熔解曲线图)
Functional LncRNA PCR新宝6下载服务部分数据分析结果展示
1. 差异表达LncRNA列表(默认筛选参数:差异倍数>2;P<0.05,客户可指定筛选参数值)
Arraystar 最新的nrStar™ Canonical Conserved miRNA PCR新宝6下载(H)旨在通过qPCR技术检测372个经典的、进化过程保守且具有显著功能的mature miRNAs。此款PCR新宝6下载能很好地消除miRNA前体、家族其他成员和isomiRs的干扰,同时还能够准确地对低量样本进行检测,为科研人员提供一种准确、简单和快捷的miRNA研究方案。
产品列表
优势
• 专注于经典、进化保守且具有显著功能的mature miRNAs
• 关注于具有更高表达水平的mature miRNAs而非star miRNAs
• 通过Two-tailed qPCR技术高效地消除前体、isomiRs及家族其他成员的干扰
• 详细地注释了miRNA启动子、初级转录本及宿主基因等信息
• 方便快捷的预扩增步骤帮助准确地检测低量样本
为保证准确地检测miRNA表达水平,消除前体、isomiRs及家族其他成员的影响,推荐使用rtStar™ First-Strand cDNA Synthesis Kit (3’and 5’adaptor) (Cat# AS-FS-003)进行cDNA合成。针对低量样本(100pg至200ng RNA),建议使用rtStar™ PreAMP cDNA Synthesis Kit (Cat# AS-FS-006)进行cDNA合成及预扩增步骤。
近年来,snoRNA已成为疾病领域特别是癌症领域的研究热点。snoRNA在血液、痰液以及尿液中稳定存在,是高潜能的疾病诊断分子标志物。Arraystar公司最新推出的nrStar™ Human snoRNA PCR Array,包含了359条从权威数据库SnoPY 与 snoRNA-LBME-db精心挑选的snoRNA,是目前市场上snoRNA覆盖度最高的PCR新宝6下载,是进行snoRNA表达检测与功能研究必不可少的工具。
核仁小RNA (snoRNA) 是一类中等长度的非编码小RNA分子,其长度60-300 nt不等,是snoRNPs复合物的主要成员之一[1]。在snoRNP复合物中,snoRNA通过碱基互补原理识别rRNA上的特定位点,引导复合物对这些位点进行2'-O甲基化和假尿嘧啶化修饰。在脊椎动物中,核仁小RNA的编码基因主要位于蛋白编码基因的内含子区,其转录产物经转录后加工形成成熟的核仁小RNA[2]。snoRNA参与多种生物学过程,包括rRNA的加工处理,RNA剪接和翻译,以及对氧化应激反应的调控[3]。根据snoRNA结构与功能的不同,可将snoRNA分为两大类:负责2'-O甲基化的box C/D snoRNA和负责假尿嘧啶化的box H/ACA snoRNA[1]。另外,还存在一类比较特殊的snoRNA— scaRNAs。scaRNAs特异表达于细胞核的Cajal小体,具有类似的C/ D box或H/ ACA box结构[4]。snoRNA还产生类似miRNA的短片段非编码RNA,可与AGO蛋白结合并识别靶向mRNA序列,调控其翻译过程[5]。
多项研究表明,snoRNA在肿瘤中异常表达,并在肿瘤转移过程中扮演着重要角色。有些snoRNA可作为肿瘤促进剂或抑制剂发挥功能[6-7]。例如,SNORD50A/B具有结合K-Ras并抑制其活性的功能,常在癌症中发生缺失突变[8];SNORD44 (RNU44) 和SNORD43 (RNU43) 与乳腺癌的不良预后有关[9];SNORA80E (SNORA42) 在肺癌中作为癌基因存在,抑制SNORA42的表达能够产生明显的抗癌作用[10]。C/D Box 类snoRNAs在癌症中普遍高表达[11]。此外,snoRNA在神经退行性疾病的发生发展过程也发挥着关键作用。
nrStar™ snoRNA PCR Array服务列表
新宝6下载特点
•最佳覆盖范围—同一块384孔板上覆盖了snoRNA,snoRNA靶向snRNA以及snoRNP复合物成员,是目前市场上覆盖度最高的PCR新宝6下载
•无与伦比的灵敏度–只需50 ng总RNA,无需扩增
•稳定有效的PCR引物– 所有引物均在不同的细胞组织样本中通过严格验证
•简单快速–无需扩增,只需将反转好的cDNA与SYBR® Green master mix混合加入到板中,然后运行qPCR, 4小时内即能得到实验结果
•疾病分子标志物筛选–高覆盖度、灵敏度、准确率以及高通量使其成为疾病分子标志物筛选与验证的首选
PCR新宝6下载所包含的snoRNA列表
SnoPY :http://snoopy.med.miyazaki-u.ac.jp/
snoRNA-LBME-db:https://www-snorna.biotoul.fr//
snoRNA PCR新宝6下载实验流程
1.RNA抽提与质量检测PCR扩增完成后,进行熔解曲线分析,使用PCR仪自带软件导出原始数据。出具Raw Data文件夹,包含原始Ct值、PCR扩增曲线图和熔解曲线图。
snoRNA PCR新宝6下载数据分析流程
1.PCR新宝6下载数据质控
质控参数:Ct(Blank)>35; Ct(GDC)>35; Ct(RNA Spike-in)<25; Ct (PPC) <25. 符合上述条件的样本进入下一步分析。
2.数据校正与△Ct值计算
板间校正:使用Ct(PPC)对不同PCR板进行板间校正。
内参校正与△Ct值计算:挑选最优内参,使用内参均值计算△Ct值。
3.差异倍数计算 (2^(-△△Ct))
使用 △△Ct 方法计算不同样品组之间的表达差异倍数。
4.P值计算
对样本组进行t检验,计算P值。
5.其他常规数据分析
散点图分析;火山图分析;TOP20表达上调和下调snoRNA柱形图分析
6.提供服务报告与数据分析结果
a.Arraystar服务报告(包括RNA样本QC和详细实验数据分析步骤)
b.Excel新宝6下载结果汇总表(包括snoRNA列表,数据分析结果和各类图表)
c.Raw Data文件夹 (包含原始数据、扩增曲线图和熔解曲线图)
Arraystar snoRNA PCR新宝6下载服务部分结果展示
1.差异表达snoRNA列表(默认筛选参数:差异倍数>2;P<0.05,客户可指定筛选参数值)
2.散点图 (黑色斜线代表差异倍数为1,红色斜线代表差异倍数为2)
3.火山图(黑色垂线代表差异倍数为1;粉色垂线代表上调或下调倍数为2;蓝色水平线代表P值为0.05)
4.TOP20表达上调snoRNA柱状图
5.TOP20表达下调snoRNA柱状图