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  • LncRNAs的详细注释和功能分析

          一站式Arraystar lncRNA新宝6下载技术服务包含系统而详细的lncRNA注释、子类分析等重要分析项目,这些信息有助于揭示lncRNAs复杂的生物学功能。通过研究发现,lncRNAs在凋亡、分化、发育等多种生物学过程以及人类疾病,如癌症、神经系统疾病及心血管疾病中发挥重要功能。针对上述研究报道的所有LncRNAs,我们提供了全面的注释便于交叉引用,帮助您深入了解lncRNAs的生物功能和分子机制。


    基因组结构

         根据LncRNAs在基因组上相对于蛋白编码基因的位置关系,可以系统的将其分为 (1) Intergenic (LincRNA),(2) Intronic,(3) Bidirectional,(4) Sense-overlapping,(5) Antisense ,(6) Pseudogene这6种类型 (图 1),这种位置关系对于推测lncRNA的功能具有很大帮助,包括调控方式是顺式(cis)还是反式(trans),调控层面是转录还是转录后。

    图释:上:lncRNAs分类及和临近基因位置关系图。下:lncRNAs可能通过多种机制调控基因表达,比如招募染色质修饰物/重塑,即通过表观修饰调控基因表达;通过增强子RNAs、核亚结构、核质转运、ceRNA机制或者mRNAs稳定和翻译,在转录和转录后水平顺式或者反式发挥调控功能。

    高度保守的LncRNAs

           基因组中高保守区域(UCR) 或高保守非编码元件(UCNEs) 转录出来的lncRNAs可能具有重要的生物学功能。在其他物种中与人类基因组结构相同的lncRNAs(即使只有中度同源)也会被收录。因为与全序列保守性相比,基因组结构与基因调控的关系更加密切[1]。


    组织特异性lncRNAs

           LncRNAs呈现出严格的组织或时序特异性,可能与其发挥的功能密切相关[1]。其中特别标示出6,059个与细胞谱系或癌症相关的lncRNAs分子[2]。


    疾病相关 lncRNAs

           包含了LncRNADisease数据库中收录的已知与疾病相关的lncRNAs [3]。


    疾病SNP相关lncRNAs

           覆盖带有疾病易感位点的LncRNAs ,可能与疾病发生发展密切相关。


    在生物学功能中LncRNAs和mRNA的共表达

          收录了与生物学过程或功能基因集相关的LncRNAs (例如,血管生成、缺氧、代谢、增殖、细胞周期、细胞黏附、DNA损伤修复) [2]。


    癌症相关LncRNAs

            LncRNAs可以在不同类型癌症中发挥作用, 通过上千例癌症样本中lnRNA的大范围研究表明,其表达量发生了癌症特异性改变。 [4-5].


    基因间超长链非编码RNAs (vlincRNA)

          长度从50 kb到1 Mb,作用涉及多种生物学过程,例如多能性、癌症、细胞凋亡、细胞周期以及细胞衰老 [6, 7-8].


    其他类型

          例如,缺氧诱导型非编码高保守转录本(HINCUTs) [9],压力诱导型长链非编码转录本 (LSINCTs) [10]。


    相关服务

    lncRNA新宝6下载技术服务

    lncPathTM新宝6下载技术服务

    T-UCR新宝6下载技术服务

    参考文献

    1. Cabili, M.N. et al. (2011) Genes Dev 25(18):1915-27[PMID: 21890647]

    2. Iyer M.K. et al. (2015) Nat. Genet. 47(3):199-208 [PMID: 25599403]

    3. Chen G. et al. (2013) Nucleic Acids Res. 41(Database issue):D983-6 [PMID: 23175614]

    4. St Laurent G. et al. (2015) Trends Genet. 31(5):239-51 [PMID: 25869999]

    5. Yan X. et al. (2015) Cancer Cell 28(4):529-40 [PMID: 26461095]

    6. Clark M.B. et al. (2015) Nat. Methods 12(4):339-42 [PMID: 25751143]

    7. Hackermuller J. et al. (2014) Genome Biol. 15(3):R48 [PMID: 24594072]

    8. St Laurent G. et al. (2013) Genome Biol. 14(7):R73 [PMID: 23876380]

    9. Ferdin J. et al. (2013) Cell Death Differ. 20(12):675-87 [PMID: 24037088]

    10. Silva J.M. et al. (2010) Genomics 95(6):355-62[PMID: 20214974]